幾霜::残日録::2005/04/28 (木)

　またKjer。MrBayesのMCMC treeはまぁいいとして、"direct optimization approach"なるものの結果が俄には信じがたい。何やねん"direct optimization approach"って。

　これの18S / 28S / EF-1α用primerは使えそうな予感。28Sの方が情報量が多そうなのでとりあえずトビケラの亜目・科間の系統関係をキッチリ整理するには良さげ。最悪でも全部読んでTotalMLもどきな解析で乗り切れるやろ。bootstrapで死にそうですが。OTUはなるべく減らそう。

　リンク先によると、PHYMLの論文『A Simple, Fast, and Accurate Algorithm to Estimate Large Phylogenies by Maximum Likelihood』がEnvironment / Ecology分野のfast breaking paperになったとのこと。めでたい。めでたいけどsite-specific rateと上位n位までの樹形出力に対応してくれませんかねぇ(笑)。似非ratchetもさっさと実装して論文にしたら引用されるかなぁ。

　なんじゃこの想像を絶する低クオリティの生データは!!! editorもrefereeも見てないのか? EF-1αが1098bpで18S + 28S rRNAが1078bp、COIが411bpだってさ。失笑もんだ。EF-1αやCOIで全塩基・アミノ酸が?になっているデータなんかで解析できるわけないやろボケが。そして最終的に使っているtreeはrRNAの塩基、EF-1αのアミノ酸、COIの塩基とアミノ酸配列両方、形態形質データを重み付け無しの最節約法で解析したもの・・・オイオイ。
　あのさぁ、なんて言うかさ、ものには限度ってもんがあるやろ? こんなクソデータで滅茶苦茶な解析して載ってしまうんですねSystematic Biologyって。スゴいなぁ(棒読み)。たとえ最高のJournalだろうとこんなクソ論文書くくらいなら死んだ方がマシだ。

追記 - 01:20:46
　そういえば最近、Roderic PageさんがEditor in Chiefになったらしい。今後はこういう論文は通りにくくなるんじゃないかなぁ。

追記 - 05:30:14
　ちなみに論文はこれ。

追記 - 06:37:52
　ちなみに私の研究によりCOIの3rdコドンは科内ですら塩基置換が飽和しまくっていることが分かっています。こんな高次の系統解析でCOIを使うなんて狂気の沙汰としか思えない。ここまで高次になってくると1stコドンも飽和しているかも。使うならアミノ酸配列だけにしておけばいいものを。