あー、ありましたありました。なるほど。 どうも、本文を読む限り重み付けを行ったのは形態形質だけのようです。 それにしても塩基配列中に現れる数字はなんなんでしょう・・・。 Kjer et al.(in press)はまだin pressみたいですね。 Web of Scienceで検索しても今のところヒット無しです。
nexus ファイルの後半に「ステップ行列」が載っているので，形態形質については character-state tree に基づく形質状態遷移の重み付けをしているみたいですね． Kjer et al.(in press)というのは Cladistics 誌に掲載予定なんじゃないですか？ こういう combined qpproach に対して敷居が低いジャーナルだし（笑）．
なるほど、アライメントと系統推定一発ワザですか。それ自体は理にかなったアプローチだと思います。しかし今回の18S rRNAデータに適用するのが適切かどうか疑問が残りますね。rRNAなら二次構造予測しながらアライメントして系統推定の方が良いような。
とりあえず結果の系統樹が信じ難すぎて・・・。
ほほー，「Direct Optimization Approach」は配列のアラインメントと系統推定を同時にやってしまおうというチカラわざ．アメリカ自然史博物館の Ward Wheeler たちが開発した方法とソフトウエア（POY）が，毎年の Hennig Society Meeting で成果発表されてます．ただし，いまのところAMNHの超強力PCクラスターでないと心地よく計算できないみたい．詳しくは→http://research.amnh.org/scicomp/ward_wheeler.html．
あー、ありましたありました。なるほど。
どうも、本文を読む限り重み付けを行ったのは形態形質だけのようです。
それにしても塩基配列中に現れる数字はなんなんでしょう・・・。
Kjer et al.(in press)はまだin pressみたいですね。
Web of Scienceで検索しても今のところヒット無しです。
nexus ファイルの後半に「ステップ行列」が載っているので，形態形質については
character-state tree に基づく形質状態遷移の重み付けをしているみたいですね．
Kjer et al.(in press)というのは Cladistics 誌に掲載予定なんじゃないですか？
こういう combined qpproach に対して敷居が低いジャーナルだし（笑）．
もしかすると冒頭の数字の羅列と塩基配列データ中に時々混じっている数字が重みを表す数字なのかもしれません。
手法はともかく重み行列くらい付けてくれれば良いんですけどねぇ。
そう、そこですよ。
最節約系統樹のbootstrap確率はdifferentially weightedだと書いてあるんですが手法を詳しく説明しているKjer et al. (in press)がどこか分からないんですよねぇ。
おお，ボウフラのように「？」が泳いでいますなあ．
Corresponding Editor が誰かによって掲載されるされないが左右されるのでは？
でも Kjer 氏は現在の Associate Editorial Board に入っていたりする（汗）．
※個人的にはこの論文で最節約法の weighting をどのようにやったかに関心があります．
ですよね! すごいですよね! こんなの全然暴言じゃないですよね!
リンク先のデータ、ウケました。すごいですねぇ…