幾霜::残日録::2007/02/18 (日)

　MEN用のテンプレートをダウンロードできるようにしました。Program Note用になってますがまぁちょっと変えるだけで他にも使えるでしょう。確認していませんがMolecular Ecologyでも使えるかもしれません。Primer Noteとかガンガン書かれる方は是非どうぞ。Perl実行環境と角藤版W32TeXフルインストール相当のLaTeXコンパイル環境が必要です。私はWindows上で作業していますが環境さえ揃えれば他のOS上でも問題無いと思います。

　これから書く論文をどこに投稿しようかと考えたのですが、LaTeXのクラスファイルとBibtexスタイルファイルが用意されているというだけの理由で某誌に決定。しょーもないなぁ・・・。MBEとJMEも用意して欲しいなぁ。SBはBibtexスタイルはあるけどLaTeXクラスファイルは無い。まぁarticle.clsからさほど改変する必要は無さそうですが。

　うおー!! 欲しい! 紙でしか手に入らない論文をコピーして閉じるときにいつも苦労するんですよね。そういうときにこれがあれば・・・。

　ヘェーーー。これだけの事実に振り子の等時性・1mの定義・1秒の定義などの情報がぎっしり詰まっている感じが良い。

　昨日走らせ始めた解析、DiagnFreqの値を設定していなかった・・・! デフォルトの1000のままやん。もっとでかい値にしとけば良かった。うーん、しゃーない、このままいくか。二十日間保ってくれますように。

　現在の多くの分岐年代推定は特定の樹形に固定して解析されている。しかし、これでは樹形の信頼性が年代推定値に十分に反映されていない。それで議論するのはまずいんじゃないだろうか。実際には樹形を固定して枝長のブートストラップ解析をすると、別の樹形が支持されるはずのreplicateでは枝長が大きく変化するので、そこである程度は考慮されるはずではあるのですが、しかしやはり上下の隣接クレードが「壁」として作用する可能性も無くはない。

　実は現在の単純伸縮法スクリプトはまだ多分岐を処理できるようになっていない。現状のまま解析するにはどうしたらいいかと考えていたところ、MCMC or ブートストラップ解析(樹形探索ON)した系統樹群のそれぞれに適用してstrict consensusを採ればいいことに気付いた(枝長は平均か中央値を採る)。まぁどこかが多分岐になっているreplicateが無いとは限りませんが。そうして得られた95%信頼区間には、樹形の信頼性が加味される。あーでもそうすると比較の際にめんどうやな。条件揃えないと。単純伸縮法でだけ樹形の信頼性を考慮に入れると信頼区間の幅で不利になってしまうかもしれない。

　多分岐が処理できないという欠点からこういう思いつきが出てくる。ということになんとなく楽しくなった。