幾霜::残日録::2005/11/08 (火)

　2つ購入。いずれも柳宗理デザイン。ボーンチャイナの方は一目惚れ。半磁器(朝の緑茶写真のやつ)の方はどうせ通販で送料かかるならもう一つ買うかということで。

　これは面白い。ということで本サイトでははてな不使用をあっさり破って系統・進化・自然・生物統計・お茶の各リングを速攻で作って貼ってみた。ロゴ画像に滅茶苦茶時間と手間がかかっていたりする(笑)。

　IPv6のリファレンス実装に大きな役割を果たしたKAMEプロジェクトはこれにて完結。今後WIDEプロジェクトはは普及と応用に力を入れていくようです。感慨深いなぁ。そう言えばUSAGIはどうなったんやろか。

　化石・現生珪藻(海洋浮遊性)の出現・絶滅年代データベースって無いのか? 困った困った。それらしいものを見つけたと思ってデータベース内を検索したら産出地点とか、生息環境のデータベースだったりする。環境指標とかに使われてるんですね。古生物でも珪藻群集から古環境推定するのに使われていますから現生が使われるのも当然か。でも年代のデータベースは見つからず。うーん。"The Diatoms: Applications for the Environmental and Earth Sciences"っていう本があったので期待して目次読んだら違ったし。渦鞭毛藻でもいいんですけどねぇ。有孔虫と放散虫はDNAデータベースの側がしょぼすぎて使えない。

　あー来年どうすっかなー。今、生態学会で話すようなネタが無いんやけどなー。進化学会で話すネタならあるんやけど。参加するとしたら聞き専門になってしまう・・・。まぁ近いしEAFES2も同時開催なのでそれでも行くかなぁ。

　突然木々がざわめく音がしてビビった。一陣の風が吹き抜けていったもよう。

　シバタインテックが早くも開始。ABIのBigDye v3.1 / v1.1が20%OFF、AmpliTaq Goldが55%OFF。安い。今までTaqはTaKaRaでしたがこれだけ安いと試してみるかという気になるなぁ。PCR開始時の熱変成で活性化するタイプなので似非ホットスタートの必要も無いし、常温でも劣化が遅いらしいし。とりあえず1本買って試すか。

　ただ今チューニング中。と言ってもコンパイルオプションを極限まで付けたGCC版と様々なコンパイルオプションの組み合わせでコンパイルしたICC版を比べて最良なものを探しているだけですが。とりあえずOgdenさんのClustalW-SMPを使ってます。これはマルチプロセッサ向けのpthreadによるマルチスレッド版のようです。クラスタではMPI版のClustalW-MPIの方が良いんでしょうね。後でこちらも試してみる予定。通常版のClustalWをICCで自動並列化するのもやってみるか。

追記 - 12:37:55
　ICCの自動並列化はエラーになるので使用せず。結局MPI並列化版(MPI実装はMPICH)とpthreadマルチスレッド版を比較。Athlon 64 X2 4400+搭載機1台で走らせる限りではpthread版の方が圧倒的に高速。当たり前か。

追記 - 16:10:15
　で、結局、pthread版(ICCでコンパイル)で1500bp以上平均1700bpくらいのシーケンス226本をアラインすると26分弱でした。同じデータを通常版(GCCでコンパイル)でアラインすると69分弱。その差2倍以上! ま、ICCの効果の部分も入っているので純粋なマルチスレッドの効果は分かりませんが。

　毎日コミュニケーションズの記事。よくまとまっていると思います。個人的にはportsnapに期待。CVSupはウザい。長期的にはULEスケジューラかなやっぱ。タスクスケジューリングはOSの使い勝手に直結してますからね。Windowsを使っていて最も不愉快なのがタスクスケジューリングが超ヘタクソなところなんですよね(あとメモリの使い方。昔は更に安定性の問題もあった)。バックグラウンドとフォアグラウンドのプロセス間の処理時間割り当てが根本的におかしすぎ。タスク切り替えも超遅いし。
　結局、6.0Rって、事実上5.5Rみたいなものと考えてええんやろか。

　これ定説。写真は三重県美杉村上多気の松林製茶の特上煎茶。かなり良いですねー。いかにも伊勢茶って感じ。カメラの影が映り込んでいるのはご愛敬。