幾霜::残日録::2010/03/24 (水)

　公募に出すことにしたのはいいが、まともな写真を撮るために髪を切らなくてはいけないかも。ちょっと短かった時期の写真があったはずなので探しているのですが見つからない。このままだと来週までにはバッサリということになりそうです。まぁ、しゃーないか。とりあえずもう少しがんばって探してみます。

　系統樹ファイル連結コマンドが無くなっていたのを修正しました。また、消失する前の版ではNEXUS形式系統樹ファイルをうまく扱えませんでしたが、それも直っているはずです。しかしいつの間にこんなことに・・・。謎だ。

　相変わらず異様なレスポンス速度だ。どんだけ頻繁にメールチェックしてるんだろう。

　私にはまだ早い、という気がやっぱり学会後にどんどん大きくなってきている。それを何とか「出してみなきゃわからない」と自分に言い聞かせ続ける日々。何とか出すところまでは気を保たせないと。

　アライメントとアセンブルのおすすめソフトウェアについてある人に尋ねられたので、ここにまとめておきます。

　まず、アライメントはMUSCLEとMAFFT がおすすめです。いずれもWindows・MacOSX・Linuxで動作しますが、MAFFTのWindows版はCygwinというUNIX互換環境のインストールが必要です。また、いずれもコマンドプロンプトやターミナルから使う必要があります。マウスでちょちょいとやるには、SeaView4経由でMUSCLEを呼び出すのが楽だと思います。これもWindows・MacOSX・Linuxで動作します。私自身はWindowsとLinux上でコマンドラインからMAFFT(のfftnsiとeinsi)を主に使っています。表示・編集はWindows上のMEGAかBioEditです。MEGAが次期版でMUSCLEを呼び出せるようになるとのことなので、楽しみにしています。CLC Sequence Viewerでもプラグインを入れれば使えるようです。OSXとLinuxでしか使えないようですがMAFFTプラグインもあるようです。

　コンティグアセンブルとチェックに使われるソフトウェアは無料ではBioLign (Windows用)・Consed (MacOSX・LinuxなどUNIX用)・Staden PackageのGap4またはGap5 (Windows・MacOSX・Linuxいずれでも動作)などがあります。いずれも多数のファイルを適切に配置する必要があり操作手順がそれなりにややこしいですが、慣れればかなりスループットは上げられるはずです。BioLignの使用方法やConsedの使用方法が日本語で書かれたサイトがありますので、この辺りを参考にすると良いでしょう。Gap4は英語ですが公式サイトのマニュアルで細かく解説されています。私自身はBioLignを使っていましたが、このところご無沙汰なので操作方法を忘れてしまっています。

　コンティグアセンブルには有料のソフトウェアも出ています。GeneiousやCLC DNA Workbenchなどにもその機能はありますがこいつらは重いし余計な機能が多すぎるのでコンティグアセンブル用としてはおすすめしません。私の所属する研究室ではGene Codes社のSequencherというのを使っているようですが、私は使ったことがありません。体験版の配布はあるようです。ただ、日本の代理店の価格を見ると目玉が飛び出るかと思いました。一桁間違っていると思います。私のおすすめは、Codoncode Aligner (Windows・MacOSX用)と、DNA Baser (Windows専用)です。特にDNA Baserは大画面との組み合わせで使うと、その軽さ・操作性の良さと相まって感動しました。Windows専用なのが残念です。ただ、この軽さはWindows専用だからこそできるのではないかと思います。下の画像が編集中のスクリーンショットです。

プリンタ納品と購入依頼確定入力・納品書提出(03/24予定)
03/28定期保守通知の掲示と紙の補充
公募書類の提出(03/31必着)
追加計算時間を利用しての再計算(03/31まで)
某雑誌の査読(04/03まで)
BMCEvolBiolへの改訂版送付(06/17まで)
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自動車購入と新年度の駐車場料金支払い