幾霜::残日録::2009/09/01 (火)

　リンク先はRing Server(の中で空いているところに自動的に繋がる)ですが、まだ行き渡っていないミラーがあるようですので注意。

　とりあえず、10.0ではBasic認証時に暗号化されない旨の警告が出るようになりました。良いことだと思います。

　通知は来ず。落選。またらいねーん。次はBですか。

　昨日は帰りにSDカード内のPDFをローソンのプリントサービスで印刷しようとしてデジカメを忘れてきてしまって焦った。ちゃんと店員さんが回収してくれていました。感謝。

　今日は朝から2学期最初のプログレスミーティング。財布とケータイと鍵を忘れて取りに戻るなどして前半はほとんど聞き逃した。まぁ、ぎりぎりの時間までぼけーっとしてたことの方が大きいんですが。

　午後にポスターの印刷と縮刷版の印刷。ポスターはA0とA1の組み合わせ。縮刷版はそれらを両面に印刷。裏写りしてちょっと見づらいかも。とりあえず縮刷版は30部刷りましたが、10部以上余ると予想。

　完了後、あまりの暑さに耐えきれずソフトクリームを補給。それから往復の行程での乗換案などを検討して印刷。北大学内地図や懇親会場付近の地図も用意。ま、これで何とかなるでしょう。

　では、学会参加のみなさまは札幌でお会いしましょう。学会での一番の楽しみは今回は夏の学校です。寺井さんと沓掛さんですし、もう1件も面白そうです。

　世の分岐年代推定研究における、化石記録からの年代制約導出方法がこのごろ気になっています。どうも、ここにかなり研究者の主観が入り込んでいるような気がしてなりません。

　そもそも、化石記録を加えた表現型形質の層序学的最節約法による系統樹と分子系統樹とは一致しているのでしょうか。一致しないなら、分子系統樹で信頼性が極めて高い部分を正しいと仮定して、各化石がどの枝の生物に当たるのかを特定する(ここがやばそう)ことで年代制約を得ているのでしょうか。信頼性の低い分岐点が正しいという前提で年代制約を決定するというのはかなりやばそうです。

　先日のメダカ分岐年代推定論文では、なんとブートストラップ値41の分岐が正しいという前提で年代制約を決定している部分があります。58というのもあります。そして、最も問題のクレードに近い較正点は79しかありません。化石の解釈が正しいという前提でもかなりアヤシイ解析と言えるでしょう。まぁ、今回の進化学会で話す私の解析はもっとひどいので、人のことは言えませんが。

　より大きな問題は、こうした論文で化石から年代制約を導き出した根拠について書かれる情報が非常に少ないことです。メダカ論文では書いてすらない点が複数ある(引用している文献にはあるが該当箇所でその論文を参照していない)。書いてあっても化石を報告した論文を引用するだけ。化石を報告した論文が正しいとしても、そこからその化石が系統樹のどの枝に対応しているか、には直結しないことが少なくありません。何しろその論文にはその化石が系統樹のどの枝に当たるかなんて書いてなかったりするんですから。書いてあっても、分子系統樹と矛盾する系統仮説に基づいていたりしないかきちんと確認されているのでしょうか。調査する必要がありそうです。

　いずれにしろ、分岐年代推定を行う人は、化石記録から年代制約を導き出した論理を論文中できちんと説明すべきです。まだこういう研究は十分進んでいないので、ガイドラインが執筆者にも査読者にも普及していないのでしょう。何とかしなくてはいけなさそうです。

　と、いう風なことを、論文を漁っていてよく思います。分岐年代推定の精度を比較するために多数の較正点がある研究を探していて、どいつもこいつも較正点がアヤシイのです。今のところそこそこ信用できそうに思えるのはBenton & Donoghue (2007)しかありません。これにも、古生物屋が見れば疑問に思うところがたぶんあるんじゃないでしょうか。

　なお、メダカ論文ではこの論文に載っている較正点のいくつかを採用していませんし、その採用していない較正点と推定値が大幅に矛盾しているところもあります。中でもゼブラフィッシュ−メダカ間の149.85-165.2Maという較正点の推定値は約280Maとなっており、この較正点を採用するか否かで著しく結果が変わることが予想されます。