幾霜::残日録::2008/06/20 (金)

　このところ過去の自分の文章を読む機会が何回かあったのですが、もうなんつーかどーしよーもないですね。ここの記述はあんまり(というかまったく?)当てになりませんので皆様お気を付け下さい。

　例の絨毯爆撃問題に対処されたようです。

　昨日紹介したNatureに載ったナメクジウオゲノム論文をやっとダウンロードできました。しかーし、なんと(ナメクジウオ,(ホヤ,脊椎動物))を支持してますねぇ・・・。なぬぅー。ホンマかいなと思いましたが、Intronの挿入・欠失データに基づく系統推定においてもこの樹形が支持されるとのこと。うーん、生データを見てみないと何とも言えませんがかなり強く支持されるようですね。

　というわけで、アミノ酸配列による系統推定とIntronの挿入欠失データに基づく系統推定の部分を読んでみました。前者においてはなんか色々と問題のある解析を行っていますね(Supplementary Note 5参照)。

　PHYML 2.4.4は樹形探索範囲が狭いのでダメ(注:3.0でこの点は改善されています)。ブートストラップリサンプリングに使っているSEQBOOTは乱数が十分にランダムじゃないのでダメ。イソギンチャクの配列を基準にして対ゲノムBLASTをかけて最もよく一致した領域をOrthologとしていますが、これがParalogではないという保証は無いし検討もされていないのがダメ。364領域全部に対して一つのWAG+G+Iモデルを当てはめているのもダメ。そして何よりOTUが少なすぎてダメ。

　じゃぁどうすればいいのか。

　まずはもっとOTUを増やす。その上で残った領域の中から分子進化の遅い領域を選び出す。これはPairwise Distanceに基づいて選別すればよい。あまりに遅すぎてヘンな領域は除去する。そしてmILD (注:バグがあるので要修正)やConcaterpillarなどでCongruenceを検討する。ParalogyによってIncongruenceが生じるので、これでParalogを除去することが可能なはずです。最も大きなCongruentな領域群がOrthologであるという保証はありませんが、やらないよりはるかにマシです。もっとも、きちんと選別して十分に領域数を減らしておかないと死ぬほど時間かかりますけどね(気が遠くなるくらいに)。残った領域のそれぞれでProttestかModelGeneratorによるモデル選択を行い、各領域に選ばれたモデルを適用した系統推定をRAxML (Separate model)とTreefinder (Proportional model)とMrBayes (Separate / Proportional model)で行う。(尾索動物,(頭索動物,脊椎動物))の制約下でのベスト系統樹と(頭索動物,(尾索動物,脊椎動物))の制約下でのベスト系統樹間で、KH / SH / AU検定とParametric Bootstrap検定を行う。とまぁここまでやれば文句無いです。逆にそんくらいやらないと、断定はできないと思います。

　Intronの挿入、欠失データもこの系統解析で用いた「なんちゃってOrtholog」から作成しているとのこと(Supplementary Note 6参照)ですから、このデータセットに問題がある可能性は捨てきれません。解析方法はPAUP* 4bによる最節約法と加重最節約法、MrBayesによるベイズ推定の三つを行っており、加重最節約法ではIntronの挿入を欠失の2〜9倍のコストになるよう加重を変化させて繰り返し解析しています。MrBayesではBinaryデータとして与えて挿入と欠失の確率が異なるモデルを当てはめています。挿入コストを5倍に加重した加重最節約法では脊索動物の単系統性は53%しかなかったとのことですが、これはLong Branch Attractionのせいだと言っています。しかし、どうやってそれを確認したのかは書かれていません。この判断は恣意的ではないでしょうか。

　結局のところ、少なくともアミノ酸配列とIntronの有無による系統推定からは、まだこの系統関係がひっくり返る可能性はゼロではないと感じます。まぁ、かなり意地悪な見方をしての話ですけど。

　いつのまにかPHYMLが3.0に! SPRに対応し、無作為生成した初期系統樹からの樹形探索を繰り返すオプションも追加されたようです。樹形探索面ではかなり強化されてますね。

　あーもう、Model Averagingなんて−以下略。

　とりあえず角さんを不要にしてくれるようなものではないな。実際には不要にされてしまう可能性はあるけどね。

　蒸し暑くてかなわん。なんとかならんのか。

　ご冥福を。

　それはさておき、リンク先の記事にある破れた天窓の写真、どう見てもウルトラセブンなんですけど!! ツボにはまってどうしようもない。ヒー。人によってはチチとかキン肉マンという人もいるかもね。いやはや不謹慎で申し訳ない。

　九大に九州大吟醸があるように、東北大には萩丸という大吟醸があったらしい。しかも2005年から。知らんかったよ。あ、そうそう、ただの大吟醸ではなく純米大吟醸ですぜ。720mlで火入れ¥2,800、生¥3,000だそうです。高っ! 購入申込書が回ってきたのですが、今年は火入れしかないらしい。それは残念。本生が買えるなら申し込むんですけどねぇ。火入れ酒はそれはそれで良いんですが・・・。

東北大酒「萩丸」の製造