幾霜::残日録::2008/05/15 (木)

　Intel Mac上でPowerPCバイナリを吐くクロスコンパイラを作成しようとしたところ、

cannot compute suffix of object files: cannot compile

などとほざいて止まりやがる。config.logを見ろと言われるが同名のファイルが多くてどれかわからん。

追記 - 23:59:16
　powerpc-apple-darwin9/libgcc/config.logでした。開いてみたところ、execが無いとか言っている。確かに無い。そんなバカな。と思って検索しても誰も同様の話題をしていない。えぇー。

　Visual Studio 2008 Express Editionは一応入れてあるのですが、速度・安定性ともにVisual C++ Toolkit 2003 + .NET Framework SDK 1.1 + Platform SDK for Windows Server 2003 SP1の方が優れているのはどういうことか。DreamSparkからProfessional版のコンパイラを入手すればそれの方が良いんだろうか。このところMSは最適化よりも.NET/CLSなどのリッチUIアプリケーション・共通バイナリ開発環境の方に力を入れている印象があるのであまりやる気がありません。まぁ動作するんだしVC2003でいいかな・・・。

追記 - 21:22:56
　Vista/XP用64bitバイナリの作成はStandard Edition以上でないとできないらしい。ふざけんなよ。っつーかそれ以前に作成したバイナリの動作確認環境が無いよ。DreamSparkに登録すればWindows Serverが入手できるようですが2003のStandard Editionだけのようです。せめてStandard x64 Editionを使わせて欲しい。

　とりあえずMrBayes-3.1.2のMPI版で付属のanolis.nexを10万世代回してみた。初期系統樹は揃えていませんのであまり厳密な比較ではありません。GCC-4.3.0との比較もしたいんですが、まだ入れていません。というかさすがに~x86ですらないのは入れづらい。

　コンパイルオプションは以下。

GCC-4.1.2
-O4 -march=nocona -fomit-frame-pointer -mfpmath=sse \
-msse -msse2 -msse3 -static -pipe

ICC-10.1.013
-O3 -xS -ipo -parallel -static

　んで結果は以下の通り。

GCC-4.1.2
3m 42.399s

ICC-10.1.013
2m 36.196s

　さすがにここまで大差が付くとICCを使いたくもなる。10.0だと-O2以上にすると正常に尤度が計算できませんでしたが、10.1では少なくとも一見して不具合は見つからない程度には安定しています。

追記 - 2008/05/26 11:23:33
　26日のエントリーにてGCC-4.1.2とGCC-4.3.0とも比較した。GCCでも自動ベクトル化やプロシージャ間の最適化を適用している。

　ICC-10.1を入れたつもりが、10.0になってた。ベンチマークが無駄に。原因はportageがx86では10.1系をMASKしていたため。ACCEPT_KEYWORDS=~x86を追加して再度emergeすればOK。

　MacOS Xを消さずにデュアルブートする場合の話。ディスクが複数ある場合も分かりませんのであしからず。

　まず、BootCampとrEFItを両方用意して入れておく。念のためrEFItのブータブルCDも用意しておく。

　BootCampアシスタントからパーティションを切ってWindowsインストールと称してGentoo MinimalInstallCDからブート。fdiskでFAT32パーティションのIDをLinuxパーティション(83)に書き換える。EXT3でフォーマットしてマウント。このパーティションが/になる。スワップファイルをddで作成してmkswapしてswapon。あとはHandbook参照。GRUBのインストールも含めてそのまんま。

　Gentooを起動させるのはrEFItでできたのですが、起動したGentooに何かドライバが足りないようでrootデバイスがinvalidとか言って止まるのでぶち切れてとりあえずMacOSXの方の環境を整備することにしました。

　んでMacPortsなんぞ入れてみた。パッケージがやや少ないのは難ですが、GCC-4.3.0がちょー簡単に入れられたり、LAM/MPIもちゃんとあったりしてなかなか良いじゃないですか。問題はせっかくNCBI-ToolsもあるのにMPI版が入れられないことくらいですかね。EMBOSSも3.0.0と古い。まぁ私の用は足りますけど。MrBayesとかPAMLはさすがにありませんでした。Tree-Puzzleはあるけど。

　2008.0_beta2のDVDを焼いてBootCampアシスタントから起動。起動はするがUSBキーボードもマウスも認識しないので操作できずどーしよーもない。起動時のgrubではキーボード使えるのに。っつーかそこで使えないけどインストールは問題無いという話はあったけど、こんな問題は聞いたこと無いぞくそったれ。とりあえず今からdosshdするようにしてみます。

追記 - 00:38:02
　そもそもネットワークデバイス自体も認識されていない!! SSHログインなんてできるわけないやん・・・orz。

追記 - 01:05:12
　LiveDVDではだめでしたが、MinimalInstallCDから起動するとネットワークもキーボードも使えました。ふざけんな。俺の3時間を返せ。

追記 - 01:59:24
　MinimalInstallCDからの起動にしてからは快調。プロンプトが出たらfdiskを起動してFAT32のパーティションのIDを書き換えてLinuxパーティションにし(必要無いかもしれない)、mke2fsでEXT3としてフォーマットする。私はReiserFS好きなのですが、作者の逮捕でメンテナンスがこの先不安なのとgrubをこのパーティションに入れなくてはならないのでEXT3にしてあります。/も/bootもこのパーティションを使います。swapはパーティションを切らずに/下にスワップファイルを作成するように設定します。

追記 - 03:02:14
　Kernelコンパイル中。IntelコンパイラでSSE4を有効にしたバイナリでのMrBayesの速度がどれほどのものか、楽しみだ。

追記 - 10:15:44
　ようやくまともに動作するKernelができた。色々悩みましたが、MinimalInstallCDから起動して/proc/config.gzからATA/SCSIドライバ関連は一切手を付けずにコンパイルしました。