幾霜::残日録::2007/06/12 (火)

　飲んだのは06/07だったのですが写真も撮ったのにアップロードし忘れていました。OAKSのあっさりとは対極のしっかり風味の春摘みダージリン。

　なんなんだこの鬼のような安さは。CPUをOpteron 1210に変更しても¥31,500って・・・。これ買ってメモリをPC2-6400 2GBにしよっかなぁ。今調べたら、Opteron 1210って単品で2万円超えるんですけど。マジカ。

追記 - 16:38:37
　メモリはECCじゃないといけないんだろうか。だとすると魅力半減なんだが。Opteronの仕様上はECC無しのUnbufferedでも使えると思うんやけどなぁ。マザボがサポートしてないのかも。

　176OTU、3,681bpのデータの解析がなかなか収束しません・・・。先は長いな。83OTU、約3万bpの解析が後に控えているんですが。いつになったら終わるのかね。

　角さん弐がngtさんのところではうまく動かないもよう。河田研のiMacを勝手に使ってテストしたけど問題無いんやけどなぁ。PowerBook G4でも同様。うーん、謎だ。

　今日は英語セミナーがあったらしい。生態学会でポスター最優秀賞受賞のH大KMRさんの発表だったそうです。私は英語セミナーがあるのは覚えてましたが日時を忘れていたため欠席。

　けっこう大きいトンボが飛んでました。同輩に訊きましたが真横からの写真がないとわからんとのこと。

　かなり葉が大きくて普通に計り取ると量が少なくなってしまう上、他の農園の春摘みと同様に入れると出が悪いので、やや多めに計り取って浸出時間は長めに取ります。初回は薄くなってしまったせいかあまり印象が良くありませんでしたが、今回はかなりうまいと思いました。独特のさっぱりした飲み口でお薦めできます。ダージリンの春摘みとしては安いですし。

　EPS形式ベクトルデータを、フリーのベクトル画像編集ソフトであるInkscapeやOpenOffice.org + SVG Import Filterで読み込めるようにSVG形式に変換します。これにはGhostScriptとGSViewおよびpstoeditを用います。Windows環境ではGhostScriptとGSViewはTeXインストーラ3を使うと簡単にインストールできます(英語環境なら直接それぞれの配布ファイルをダウンロード・インストール)。TeX関連物は必要ありません。pstoeditは「binary for Windows」をダウンロードして、GSViewのインストール場所へインストールします。通常は
C:\Program Files\Ghostgum\gsview\pstoedit
になるはずです。全てインストールしたら、GSViewでEPSファイルを開いて「Edit→Convert to vector format...」で表示されるダイアログにてFormatにplot-svgを選択してファイルを保存することでSVG形式にすることができます。EMF形式などにすることもできます。

　これで出力されるSVG形式ファイルはInkscapeでもOOo Drawでも編集可能です。

　pstoeditを直に叩いて変換させればWindows以外の環境でも変換可能です。以下のようにコマンドを実行して下さい。

pstoedit -f plot-svg -dt -ssp input.eps output.svg

　EPSに書き出すには、Adobe PostScript Printer DriverでGeneric PostScript PrinterをWindowsに認識させ(実物は不要)、

TrueTypeフォント: ソフトフォントとしてダウンロード
PostScript出力オプション: EPS (Encapsulated PostScript)
TrueTypeフォントダウンロードオプション: アウトライン

という設定で「ファイルへ出力」にチェックを入れて印刷します。プリンタのプロパティで「ポート」を「FILE:」にしておくと「ファイルへ出力」を選ぶ必要はありません。

　基本的にはTreeView XとMEGA、FigTree、TreeDynを用います。Mesquiteは「美しくない」のであまり好きではありません。

　MEGAやTreeDynで編集する場合はまず、Newick形式はそのままでいいとして、NEXUS形式は読めないのでNewick化します。translateコマンドを用いていなければ

tree = [&U] (hogehoge);

の部分から

(hogehoge);

を取り出してテキストファイルに保存すればOKです。もしもtranslateコマンドを用いていたら、TreeView Xで開いて保存することで、translateコマンドを用いていないNEXUS(PAUP*ではAltNEXUSと呼んでいる)に変換することができます。

　あとはどれかのソフトで適当に体裁を整えてEPS形式に書き出します。

　2,000UのTaqは後輩が持っていました。電話で聞いたときには知らないと言っていたんですが忘れていたようです。こんな高額試薬を忘れてもらっては困るんですが。