幾霜::残日録::2007/03/08 (木)

　原稿を2部印刷して用意し、さらにdiskで送れと書いてあるんですが、てっきりCDだと思っていたらdisk内のファイルの説明文書のひな形には
This form should accompany your floppy disk and the print-out of your manuscript.
とある。今時フロッピーなのか。今回はPDFで24KBなんでいいんですが、ちょっと高解像度のビットマップ画像があったら一発でフロッピーの容量オーバーするんやけどそういうときはどうすんのやろ。

　っつーかとりあえずフロッピー買わな。

追記 - 18:29:53
　生協ではフロッピーをバラで売ってなかったので仕方なくCD-Rにすることにした。まぁ大丈夫でしょ。メールではdiskとしか言ってないし。8in. FDとかオープンリール送ったらどうするんやろか。新しいところではHiFDとかMOとか(笑)。

　エンディングを劇中劇のエンディングに部分的に重ねるという演出まで! 心憎い。時代を共有した人達の想いが感じられる良い作品でした。

「虹が出てるなぁ。明日は晴れだ。」

追記 - 05:03:21
　一応問題点にも触れておく。劇中劇の画質が良すぎる。色も鮮やかすぎる。フィルムのノイズがデジタル処理で加えたものっぽいのもリアリティに欠ける。私はそこが少し気になりました。

　これまでのところ、単純伸縮法では複数較正点に対応することは不可能だと思っていました(較正点が接しているなら何の問題も無い)が、一つのやり方としてはコレもありかと思える方法を思いついた。NPRSやPLを組み合わせる方法も考えましたが、思想的に合わないやり方だったので困っていましたがこれならいける。

　やり方はやっぱり単純。2較正点の古い方に合わせて分岐年代推定し、矛盾がなければそれで終わり。矛盾があれば、2較正点間の分岐どこか1点を選び、そこから下位のクレードを定倍率で伸縮させる。これを2較正点間の分岐点全てで行い、最も速度変化の小さいパターンを正解と見なす。もちろん複数の分岐で徐々に変化した場合もあり得るが変化回数最小化最優先(変化量最小化は第2規準)の精神からすればこれが一番良い気がする。

CodonRates
　同義置換速度・非同義置換速度・同義置換/非同義置換比(Omega)を同時推定するタンパクコード領域データ用分岐年代推定ソフト。Thorneらのmultidistributeによる分岐年代推定とYangのPAMLによるコドン置換モデルを組み合わせたようなものかな。

PATHd8
　Mean Path Length法によって巨大系統樹でも高速に分岐年代推定を行うソフト。複数の較正点・年代制約を与えることが可能。MPL法は速度を平均化してしまう(較正点1つなら系統樹全体で同じ速度と仮定する)ので速度が変化している場所では較正点が無いとおかしな推定値を出力するので注意。接していない複数較正点を与えることができるのかは不明(試せば分かると思いますがやっていません)。もしできるとしても較正点間の枝をどう扱っているのか不明。

MrEnt
　印刷用系統樹を整える目的にはかなり良い。簡易ドロー機能もあり、様々な注釈を書き加えることができる。ただしWindows専用で.NET Framework 1.1が必要。入力ファイル形式はNEXUS。編集結果は独自形式のファイルに保存できるほか、PDF・EMF・BMP・PNGで出力可能。ただ、PDFはCorelDRAW11で読み込めませんでした(これはCorelDRAWの読み込み互換性が低いせいかもしれない)。Adobe Readerでの表示やEMFのPowerPointへの読み込みは問題無し。

TreeIllustrator
　Javaで動作するクロスプラットフォームな描画ソフト。入力はNEXUS/Newick両対応のはずですがMrBayesの出力したNEXUSは読み込めませんでした。たまたまかなぁ。枝の色分けとクレード支持率の表示が可能で、編集結果をJPEGやPostScriptへ出力可能。出力PostScriptをCorelDRAWで開いたところ全く問題無くきれいに読み込めました。余計なオブジェクトも無く、PostScript出力では最強かも。

Digital Tree
　Windows専用。無根系統樹専用?の系統樹描画ソフト。端点と分岐点に色を付けたり注釈を加えられる。イマイチ用途が思い描けませんが無根系統樹をグリグリ動かして遊べるのはそれなりに楽しい。系統樹を見ながら試行錯誤するには良いかも。入力ファイル形式はNewick。

　これまでのTreeDyn・FigTree・MEGA・Mesquiteはそれぞれ特色があってコレ!という決定版が無いんですよねぇ。上記3本もこの状況を変えるほどではないか。