幾霜::残日録::2006/09/19 (火)

　確認しました。過去ログも何もかも。

　上の図はシミュレーションで作成したデータ(1,000bp・8OTU・HKY85+I+G)において、JC69モデルにおける最尤系統樹でブートストラップ解析した結果(左2つ)とGTR+I+Gモデルにおける最尤系統樹での同様の結果(右2つ)です(それぞれで樹形は固定)。上が元データで最適化したモデル(塩基置換モデルパラメータ・枝長パラメータ固定)をリサンプリングデータに当てはめた尤度の頻度分布で下が各リサンプリングデータで最尤推定した尤度の頻度分布。以下はいずれも-lnLの値。
MLE under JC69 on raw data = 2169.081
Average of JCstatic on resampled data = 2168.833
Average of JCopt on resampled data = 2162.125
MLE under GTR+I+G on raw data = 2078.679
Average of GTRIGstatic on resampled data = 2078.527
Average of GTRIGopt on resampled data = 2067.174
RELL法を使った場合には*staticとほぼ同等の結果になるはず、たぶん(ここでは使っていない)。

追記 - 19:29:43
　複雑なモデルほど*optのMLEは元データのMLEから遠ざかりやすい＝*optのモデルを元のデータに当てはめたときの尤度もMLEから遠ざかりやすい。これを利用してEICは複雑なモデルに課すペナルティを推定している・・・んだと思う。ちなみに、JC69のNJ樹形に固定しての塩基置換モデル選択を行うとJC69 vs GTR+I+GではGTR+I+Gの圧勝(実際にはHKY85+Iが選ばれる)。つまりペナルティ以上に尤度の改善が大きいわけですが、上の結果でもMLEと*optの遠ざかり具合はさほど大きく変わらないことと符合する。
　しかしやっぱりEICの定義が何故ああでなくてはならないのかが理解できない。改変しても結局結論は同じなんじゃないのか?
　あと、私が現在実装しているモデル選択のブートストラップ解析は各replicateでMLEを推定しているが、これは複雑なモデルに甘くなるってことか。やはり先日書いたように元データで最適化したモデルをリサンプリングデータに当てはめて得られた尤度を使ってモデル選択する形にしなくてはならないということなんだろうか。あーめんどくさ。っつーか投稿前に気付いて良かった。投稿後だったら危ないところだった。

　ちょっとその操作に対して尤度がどのように振る舞うのか自信が持てなかったのでシミュレーションを走らせてみた。想像と一致することを確認。あー良かった。

　先程、陸水学会から帰ってきた編集委員の某先生に「もしあったら投稿よろしく」と言われたのですが投稿できるネタがすぐには無いのでここでちょっと宣伝しておきます。陸水学会の英文誌ですが、目出度いことにインパクトファクターも1を超えたそうで(こんなもんを気にしないといけないのもどうかとは思いますが)、皆さんも何か陸水学ネタがありましたら出してみられてはどうでしょうか。発行数も増えることになったそうですし。

　そんなことよりRhapsodyを早く日本で提供して下さいよ・・・。

　ダメだ。脳内回線網ががこんがらがったままどうしようもないところへきてしまったもよー。休憩入れよう。

　過去ログ参照。しかし、ここまで思っていても消さないとはなんという懐の広い主宰者か・・・。それにしても今朝のやつは理科教育や生態学との関連性はかなり薄い気が。まぁ無くはないと言えなくもないですが。

なのに、載っている写真に写っている定規や机が複数の人で共通しているのは何故だろうか。ということに非常に興味を覚えました(文体も同じだ)。きっと一人の人間に宿っている複数の人格がネットを介してのみつきあっているということなんだろう、と結論。あぁ現実逃避。

　やばい、もう腹減ってきたーーー、と思ったら、もう最後に食事してから6時間経っている。そら腹も減るわ。

　今年分の最尤法(山口さん)、モデル選択(齋藤さん)のPDFが公開されてます。かなり分かりやすく説明されてますので鳥と関係無い研究者の方でも統計ユーザーなら見る価値はあるかと。

　この週末は色々な学会の年次大会が多かったようですね。数理生物学会(福岡)・昆虫学会(鹿児島)・陸水学会(松山)・鳥学会(盛岡)だそうで。なんか鳥学会以外は台風の影響を受けてそうな場所ばかりですね。

　ああ鈍すぎる・・・。EICの定義変更、ダメに決まっとるやん。
lnL(x|θx) ＜ lnL(X(i)|θx)
になることがある以上、
b = (1/B) × ΣD(i) ≒ 0
になり、ペナルティもゼロになってしまう。なんておバカ。

追記 - 00:44:38
　アレ? 違うぞ。ちょっと待て。あー頭こんがらがってきた。大学へ行って『モデル選択』と『情報量規準』を読もう。

　SH検定でAICの定義を変更しているのもそういうことやったんやったな。ああ何今頃気付いとるんや俺は。鈍いなぁ。