幾霜::残日録::2005/11/22 (火)

　例のアレが来た。もちろん参加しますよー。分子系統解析と分子進化モデルの問題点についてしか話題提供できませんがそれでいいんでしょうかね。

　HELPの表示やマニュアルが嘘っぱちだらけやん。おかげでソースコードを読まないと使えない! マイガッ!

追記 - 20:41:37
　下記の連絡のついでに「直してくれると嬉しいなー」と少し書いておいたらBEASTで忙しいから勘弁、だそうで。まーRhinoEngineCaller.cppを読めば分かるけど。こっちで用意するかなぁ。

　Rhinoではソース各所にて「min」とか「max」が使われているが、これがfstream.hとコンフリクトを起こして正常にコンパイルできない。fstream.hをincludeする前にmaxやminをundefすればコンパイルは通るが、何か問題が起きるかもしれない。というわけで、とりあえずmaxをmax1に、minをmin1に置き換えることにする。ただし、minusとかをmin1usにしてしまわないように注意。後でRambautにメールで概要とパッチでも送りつけるかねぇ。
　ちなみに、Intel C++ Compilerではエラーだらけで全くコンパイルできません。

追記 - 20:41:37
　とりあえず連絡しておいた。

　系統樹の発見的探索法にTBRというものがあります。発見的探索法では、まず何らかの方法(NJ法やStepwise法など)で初期系統樹を生成し、その初期系統樹に近い系統樹の尤度を比較するのですが、TBRは厳密にはその「初期系統樹に近い系統樹」の生成法の一つの呼び名です。他にNearest-Neighbor-Interchange (NNI)とかSubtree-Pruning-Regrafting (SPR)と呼ばれる方法があり、TBRは最も探索範囲が広いと言われています。
　で、そのStepwise法で生成した初期系統樹とTBRで生成したその周りの系統樹のリストを得る方法を探しているのですが、そもそもTBRを実装しているソフトが異様に少ないんですね。とりあえずPAUP*には当然実装されているわけですが、どうやったらTBR探索範囲のリストなんて得られるのかサッパリ分からん。できへんのかなぁ。っていうかNJの周囲をSPR探索してリストアップする方法もわからんな。うーむ(−人−)。

　マリアージュのカサブランカ。登場は2度目。前よりもだいぶ上手く入れられた気がする。

　主な目的は紅葉見物と寺社巡り(笑)。ついでに理学部動物学教室付近に出没する予定。

　英語を日常的に読む鍛錬、兼、Rに関する情報収集ということで。

　こちらのサイトに色々と順を追って解説されていました。一般化線形モデルの話もありますよ。結構参考になります。