幾霜::残日録::2005/10/17 (月)

 

移籍先を探しています。系統樹推定法やメタバーコーディング法などに詳しい研究者を探している方がおられましたらご一報下さい。

2005/10/17 (月)

ぎょー無日誌 - 23:02:09

 何故か私のマシンのATOKが「ぎょーむにっし」と打って変換しようとすると最初の候補がこう出る。これは果たして何を意味するのだろうか・・・。

目に付いた本 - 22:59:21

 生協書籍コーナーで目に付いた本をメモ。
「カイアシ類学入門」
「バイオフィルム入門」
「チョウの生物学」

千葉ロッテ優勝おめでとう - 22:52:33

 31年ぶりだそうで。

今日のセミナー - 22:29:22

 一人目はU研の某氏。山岳湖沼で光合成も細菌の捕食もできる鞭毛藻が優占するのは何故か話。ステップワイズ回帰分析を使っていた。いつも思うんですが、ステップワイズ回帰分析って中身知らないんですけど、一般化線型モデル+モデル選択とはどう違うんだろう。

 二人目はC研の某氏。内容は秘密。個人的には話を上手くまとめればNatureモンだと思った。これは載ると思う。ほとんど確信。

plot(glm()) - 22:00:26

 今日のR相談1件目。glmの結果をplotしてみたんですが見方が分かりませーん、と。glm()がplot()に何を返すかなんて知らんっつーの。うち一つは正規確率プロット(Q-Qプロット)だったので、その説明をしておいた。「正規確率って分かる?」「分かりません」だったのでその説明から。私はいつも「正規確率プロット」と呼び、「Q-Qプロット」と呼ばない上、久しぶりに見たので「Q-Qプロット」って何だったっけと少々思い出すのに時間がかかってしまった。情けない。

追記 - 22:23:00
 今ちょっと気になって「正規確率プロット」と「Q-Qプロット」って微妙に違いがあったよなーと思って調べたら、「Q-Qプロット」の方は必ずしも正規分布を仮定した理論値と実測値のプロットとは限らないのね。っつーことは、このQ-Qプロットはglm()のモデルにおける理論値と実測値のプロットで、実測値に対してそのモデルの当てはまりの良さを表しているわけか。

追記 - 22:40:30
 そして今頃になって例によって例の如くぎょーむ日誌に書いてあったことを思い出した。あれ、でもK保セソセイは役に立たないとのたまわれておられるぞ。
 ま、勉強になったからいいや。

量的食物網図 - 21:40:59

 今日のR相談2件目。「こういうの作りたいんだけど、なんかソフト無い?」と訊かれ、どっかで見たなー、ぎょーむ日誌のような気がするなーと思って探したらあった。苫小牧の平尾さん、おそらく某氏からメールが行くでしょう。

Zero Inflated Data - 21:15:33

 なんつーか、Invariant補正ってすげーよく似た問題を扱ってるやうな気がした。

Linux上のPerlよりLinux上のVMware上のWindows上のCygwin上のPerlの方が速い? - 17:52:03

 ええーーー!? マジですか? ちょっとやってみるか・・・。Windows上のCygwin上のPerlとFreeBSD上のPerlの比較ですが。しかしなんか適当なコードをでっち上げんのがめんどいな。ちょっとHDD内を漁るか。

続・先日のScienceに載ったMCMC系統推定論文について - 17:46:45

 東大の仲田さんによる解説。私とは異なる切り口の見方。まー多分こういう考え方の方が著者の意図したところのような気がする。
 ただ、私としては、3.1でサポートされた、複数のMCMCを独立に走らせることで収束を判断する方法で、この問題を完全に回避できるかどうかには少々疑問というか、よく分からないところです。可能性は減らせるでしょうけどね。独立に走らせる数はいくつにすべきかとか、色々と問題がありそう。

それって,随分前に斎藤成也さんが指摘していなかったっけ - 17:36:19

 可能性は十二分にあるでしょうけど、「随分前」では私が把握しているはずもなく。論文だったとしても、どうしても読まないといけないものしか読みませんからねぇ(汗)。いやー、基本的に、論文読む暇があったらひたすら(思考|試行)しまくるとゆー、超内向的ニンゲンですので、実はさほど論文を読むために時間を割いていないんですよね。自分で考える方が時間消費効率が良いかどうかはともかく、たとえ悪くても自分の思考で浪費するなら納得できるんですが、ろくでもない論文で浪費してしまうと納得できませんしねぇ。と、いうところに至るほどには読んで、読んだことを後悔する経験を積んではいますが(笑)。

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