幾霜::残日録::2005/08/29 (月)

 

移籍先を探しています。系統樹推定法やメタバーコーディング法などに詳しい研究者を探している方がおられましたらご一報下さい。

2005/08/29 (月)

そう言えば - 21:18:32

 誰も区切り線が系統樹になっていることに気付いてくれなかったなぁ・・・。あれ苦労したのに。

閣下、昼間からゴロゴロしていてはいけません - 15:39:13

気持ちよさげな閣下

 あーうまらやしい。

枠組みには反対ではないが今の法案には問題がある - 12:38:55

 みんな同じことを言ってますね。でもどこが問題でどうすればいいのか言っている人は一人もいない。これではただ反対なだけなんだねと言われても仕方ないでしょ。まぁ今回の選挙には自民党の純化以外期待しないことにします。民主党も全員が民営化反対と言ったそうですしねぇ。郵貯・簡保縮小を公約に掲げるなら郵便ネットワーク維持の財源を明示しろよ。それができなきゃ民主党にも投票せんよ。

Duoron - 09:34:27

 Duronですよー。「づろん」でも可。というか「づろん」の方が一部には通りが良かったりする(笑)。
 HDDは最近は回転速度の遅いモノと早いモノで特に寿命に差は無いように思います。感覚的ですしサンプル数も少ないので当てになりませんが、DTTA世代では確かに差が感じられたのですが、Barracuda ATAの3か4くらいからは感じられなくなりました。私も遅い方が信頼できると考えてQuantum FireBall LCTとゆー4500rpmの品をわざと使っていましたが真っ先に死にました。まぁこれは不治痛のHDDで多発したコントローラチップの不良と同じ可能性もありますが、症状が違ったので。
 結局、回転速度よりはメーカーの保証体制で選んだ方が良いような気がします。5年保証のSeagateとかMaxtorのMaXLineシリーズとか。そもそも同じモーターなら確かに回転速度の遅い方が寿命は長くなるでしょうけど設計や品質管理のしっかりした=保証期間が長い品の方が旧世代の低速モデルより良いんじゃないかと思います。新世代の品は記録密度などで無理をしている可能性もありますけど、保証は一つの基準にはなるでしょう。しかしまぁいつも壊れる前提の下でRAIDやバックアップ体制を整えておくべきだと思います。
 ちなみに、私は大学マシンはRAID-1(ミラーリング)にしてありますし、ネットワーク上のFreeBSD鯖にオフラインファイル機能を使って同期してありますし、鯖上のファイルもしばしばバックアップを取るようにしています。常時4重バックアップ体制ですね。いや、たまに殻付きDVD-RAMにもバックアップしてますので5重かな。時間差を持たせていないバックアップと時間差を付けたバックアップの両方を揃えておくように気を付けています。ミラーリングでは人間の誤操作によるデータ消失には無力ですからね。

ガーーン - 09:06:09

 あー逝きたかったなぁ。くそ、表現型進化は聴かずに誰かについて行った方が良かったか。どうせ表現型進化も倉谷セソセイの話は聴けへんだし(ベントスとプランクトンの進化が被っていた)、うちの先生の話は既に聴いた話やったしなぁ。
 ま、ええか。とりあえず結局間に合わなかったコードを書こう。でも一時実家に帰らないといけないのでちょっと時間がかかりそう。

思考整理 - 09:01:36

 さて、今回の進化学会で喋ったことや聴いたことから想起された思考についてまとめておく。

 現在、私は
・トビケラ目昆虫の系統と表現型進化
・その年代と地球環境変動の影響
・系統推定+分岐年代推定法
あたりの研究を行っているわけですが、以前から扱っていた
・海生二枚貝の形態変化と地球環境変動
もサンプルさえ手に入れば進めたいと思っていますが、以下はその他の話。

 氷期-間氷期サイクルという地球環境変動が生物の遺伝的分化や種分化に及ぼした影響を知るための素材として「セッケイカワゲラ」なんて悪くないんじゃないかと最近は考えています。ちょっとサンプリングが大変で危険なのが難ですが。日本だけではなくかなりの範囲からモノを集めないといけないかもしれませんが、生息場所や生態からして非常に適した素材の一つではあると思います。
 もう一つ、分子系統の話なんですが、分子系統推定がどれくらい正確なのかということの検証はまだまだ不十分なのではないかと考えています。既に応用は進んでいますが、方法論そのものがマズいということになれば応用例も全部ヤバいということになるでしょう。で、どうやって検証するか、ですが、地質記録から正確に出現年代の判明している微化石を形成する生物の系統を用いて、地質記録との整合性を見てみるのが良い、というか確実な唯一の検証方法だろうと思います。有孔虫や円石藻、放散虫、渦鞭毛藻、珪藻の化石系統が使えるでしょう。DNAの抽出は大変だとは思いますが、それさえクリアできれば非常に厳密な検証が行えるはずです。放射年代は一定性の高い一方向的な反応を用いているためDNAより遙かに正確な年代値ですからね。同時に分子進化や分子進化速度進化の傾向も観測することができるでしょう。そこから何らかの法則性を見出すことができるかどうかはともかくとして。

早寝早起き - 08:03:47

 脳味噌が進化学会シフトになって早寝早起きが出来るようになっているようです。要するに今日も目覚ましが鳴る前に起床。我ながら珍しい。学会直前に3徹してから日没後すぐに就寝してぐっすり寝たのも良かったのかもしれません。それで徹夜・昼夜逆転アタリマエシフトが解除されたようです。これが維持できると良いんですが。

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