幾霜::残日録::2004/11/06 (土)

　えらいクソアニメの後番に往年の名作『未来少年コナン』ですよ。知らない人は見るべし。絵を見れば分かりますが宮崎駿が関わってます。TVアニメでは初監督・・・じゃないか。ルパンでやっとったっけ。ルパンよりはよほど現在の宮崎駿の作風を彷彿させると思われ。まぁカリオストロは思いっきり宮崎駿風ですが。ラピュタが好きな人ならハマるでしょう。

が欲しい。

　Zaurus用とUSB用をアメリカから直輸入。送料なんと$5。安すぎ。
　というわけで早速Windows 2000マシンにUSB版を付けてドライバインストール(OSからはUSBシリアルアダプタに見えるのでXPの必要は無いみたい)。で、Zaurusにも挿してembeddedkonsoleで「stty 115200 raw < /dev/ttyS0 ; cat /dev/ttyS0」とかやって初期化+電源ON。んで両方のピンホールにあるスイッチを画鋲とか伸ばしたクリップとかで5秒押す。これで双方がリンク対象を検索し始め(青色LEDが点滅する)、見つかれば接続情報をやりとりして接続完了。青色LEDが点灯状態になれば繋がっているとのこと。
　ですが、繋がらないんですねこれが。困った。何度やってもダメダメぽ。うーむ。XPでもやってみますかね。果てしなくハード側の問題な気がするので無駄な気がしますが。PC側はXPで使えるBluetooth受信機でもいけるのか気になるなぁ。
　あと、Zaurus側からもPC側からもシリアルとしてしか動作しないのでIntellisyncはネットワークモードでは動作しません。従ってUSBケーブルで利用可能なWindowsのネットワーク共有機能を介したインターネットへのアクセスも不可能です。Linuxでのルーティングの場合はそれなりに設定すればいけるかもしれませんが未検証。

　200億円で。
　はぁ? どこのアホが買うんや。ライブドアは「打診はあったが検討してない」だそうで。そらそうやろ。企業体力で楽天に劣ると烙印を押しておいて(事実ですが)、どの面下げて200億円なんて吹っかけとんねん。200億っつったらライブドアの現預金の半分近くが吹っ飛ぶ額やん。選手年俸や高額なドーム球場に縛られることを考えればとても割に合うもんやない。ほとんど巨人ファンの首都圏から本拠を移せへんだらやっていけるわけがない(かと言って仙台以外に良いところも思い浮かびませんが)。仙台で同情が集まっているのもかえってライブドアには買いづらい要因でしょう。
　ま、来年も西武ライオンズのままでしょう。

　まさにcodonmlとゆーのがあったのを思い出した。コントロールファイルの文法をドキュメントで確認・・・と思ったけど流石にもう帰ろ。

　とりあえず帰って一眠りしてまた出てきます。

　俺の研究テーマそんなんちゃうんやけど。でも塩基置換モデルがもうちっとマシになってくれへんとおちおち研究やっとれへんわ。

　塩基配列の良いところは情報量を多く得られるということ(その代わり飽和しやすくノイズも拾いやすい)で、アミノ酸配列の良いところは飽和しづらくアミノ酸置換の重み付けが可能だと言うこと(その代わり情報量が相対的に減少してしまう)でしょう。長谷川・岸野『分子系統学』(1996年岩波書店刊)のp147にも触れられている通り、このアミノ酸置換(非同義塩基置換)の重み付けを塩基配列に導入できるんじゃないか、とは誰もが思うでしょう。導入できれば塩基配列から引き出すことができる情報量が増えてオイシい場面も出てくるでしょう(ただし向いていないデータもあるでしょうから適用できる場面はある程度限られるでしょう)。実際考えている人はいるでしょうが、寡聞にして知らないので適当にいくつか思いつくハードルについてメモっておく。

　その塩基置換がどれだけ影響の大きなアミノ酸置換を引き起こすのか既存の情報から考えるのはそう難しくないが、二重に情報を引き出さないようにしなくてはならない。

　非同義置換の重み付けはそれでできるとしても、同義置換と非同義置換の重み付けはどうすればよいかは検討の余地ありかも。

　非同義置換でも塩基で見れば2塩基、3塩基が置換している場合にはどのように考えればよいか。どれか1、2塩基しか置換していなかった場合と比較すればよいのかなぁ。

各コドンを分離したデータを生成
各データでモデル選択、系統推定(最大で3つの最尤系統樹が得られる)
1stコドンのデータから他のコドンで最尤な樹形の尤度を求める
2nd,3rdコドンでも同様に尤度を求める
各系統樹の平均尤度(or尤度の和)を求める
平均尤度が最大のものを全体の最尤系統樹として採用
枝長は平均でいいか?
bootstrapは各コドン毎にリサンプリングして上記の要領でreplicate回だけ最尤系統樹を求めてコンセンサスをとる
block-bootstrapの場合はコドン毎に分離する前のデータからblock-bootstrapしてから分離〜系統推定しコンセンサスをとる

既知の問題
　例えば各コドンで全て2位だった樹形が平均尤度では最大になり得る。要するに一度も優勝しなかったがコンスタントな成績を残した選手が賞金王になったりするようなことが起こり得る。これが2位とかなら少し対象を広げるだけで済むが、コンスタントに100位でしたとか、もっと酷い場合もあるかもしれない。なので候補樹形をどこまで対象にすべきかは検討の余地がある。まぁそれぞれ上位100〜1000くらいとって全部足し合わせて、あるコドンでは上位100〜1000に入らなくて情報が足りない分だけあらためて尤度を計算するということで大体良い線行くとは思う。
　また、単純に平均尤度をとるだけでいいのか怪しい。1st,2ndコドンは3rdコドンよりもアミノ酸置換を起こしやすくより重く評価すべきかもしれない。あれ、でももしかしてモデル選択の時点で重み付けはなされてないか? うん? 少なくとも枝長は重み付けされてる気がするなぁ。尤度はどうか。うーんと、えーと。あーわからん。