Kuttuki BBS

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* 橘 2010-03-25 13:56:50

確かにindelが多めの配列にはMUSCLEは向いていないと思います。私の場合はそういうデータをあまり扱いませんし、ほとんどMAFFTでやるので気付いていませんでした。ご指摘感謝です。Dialignもいつの間にか-Tとか-TXなんてのが出ていたんですね。これも把握していませんでした。昔はオープンソースではなかったように思いますが、いつの間にかLGPLになって、自前でコンパイルできるようになったんですね。indel多めの配列データでは使ってみようと思います。ありがとうございました。ではでは。

* psocoptera 2010-03-25 09:00:45

とても参考になります．最近，とあるインデルだらけのデータ（not rDNA）をアライメントしているのですが，dialign-tx が非常にリーズナブルなアライメントを出してくれました．このデータに限ると，MAFFT がまあまあ良くて，MUSCLE, Clustal, POY は全然だめ，と言う感じでした．

Comment on 2010-03-24