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ああ失礼、3130で3700用POP-6を使うという話かと思っていたんですが、3130で3730用POP-7を使うという話でしたか。それでしたら可能だったと思いますよ。東北水研の方のページでは3100で3730用POP-7を用いたLong-Readシーケンスができるとのことですから、3130でできないということはないんじゃないかと思います。もちろん保証はできませんけど。http://cse.fra.affrc.go.jp/ksaitoh/economy3100.html
貴重なコメントありがとうございました！もう少しPOP-7の情報を集めて、見込みがあればトライしてみますね。
こちらでは未確認ですが、3130では3100用POP-6でのシーケンスがサポートされているはずです。また、3100において3700用POP-6でのシーケンスができることから、おそらく可能だと思われます。ただし、私は保証できませんので自己責任でお試しください。こちらでは310で3700用POP-6を利用してのシーケンスが可能なことを確認しております。
3年前の話で恐縮ですが、ABI3130に3700用のPOP-7は使用できるのでしょうか？もしご経験がありましたら教えてください。ランニングコストが高くて困り切っています。
いろいろありがとうございます。松井・多田・大場(1998)第四紀研究37: 221では最終氷期には津軽海峡は開いていたとあります。ご想像通り、アムールからの流入分を太平洋に排出するためらしいですが。まぁ化石からはこの時期哺乳類さえ渡ってきていないので合点はいきます。しかし、いつ閉じていたかはなかなかわからないですねぇ。ちなみに私がやっているのは虫なので、冬眠しちゃうんですよ…シーケンサーは共用なんですか？ABIの仕様は結構いい加減なので36cmでも結構読める気がします。しかも準備が簡単な分、回転がいいので意外と占有されないかも知れませんよ？
すげー見つかりやすいところにデータがありましたよ(滝汗)。地球科学データベースに津軽西方沖の音波探査プロファイルhttp://www.aist.go.jp/RIODB/db085/RIO-DB-SEISMIC/Tsugaru/index_Tsugaru.htmlがあったので見てみたところ、浸食面がある可能性があるように見えなくもないです。最終氷期極大期には陸地化していたのかもしれません。っていきなり前言撤回やなぁ(笑)。しかし大陸の東側で130mも海面が下がるとは思えないんですが。それとも浸食面では10m以上も浸食されたのか、もしくは海中でも堆積が起きずに浸食されているか。ちょっと私には判断しかねますねぇ。
あ、そうそう、津軽海峡周辺の地質記録からローカルな海水準変動がわかればある程度接続も推定できる可能性はありますね。今のところそんなデータは無かったと思いますが。
いやー、フラグメント解析屋に占有される予定なのでPOP-7が使えないと多分ほとんど使わせてもらえないと思います。もっとも、今のABI 310はシークェンス専用になりますが。とは言え800bp以上読みたいときに310では無理ですからねぇ。かと言って800bp以上の場合にはPOP-7でもスタンダードキャピラリに交換しないといけませんので結局使わせてもらえないような気が・・・。
地史はなかなか難しいですねぇ…色々調べてはいるんですが。ABI3130ですか。いいですね… (´･ω･`)一応3130用のPOP6が売っているくらいですから、たぶん3700用のも使えるんじゃないでしょうかね… ｳﾗﾔﾏｽｨ…
グローバルには-120mでほぼ合ってます。ただ、グローバルな海水準変動を考えても草原や森が接続していたかどうかは何とも言えないでしょう。既に侵食によって記録は失われていると思いますので永久に不明なんじゃないでしょうか。個人的には繋がっていなかっただろうと思います。むしろ1万5千年前以前も表層の淡水部分が太平洋に注いでいた可能性の方がありそうな気がします。冬期には凍結して渡れた可能性もあるかもしれません。
日本海のレビューについてはもう一つ，多田 (1997) 第四紀研究，36:287- を紹介します．あらすじはほとんど同じです．それから，津軽海峡の草原や森を繋げたければ，日本海の古海洋学よりもむしろ海水準変動を参考にされるのがよいかと思います．本州と北海道を結ぶ最後の砦はちょうど青函トンネル直上と大間・函館間くらいなのですが，両方とも海水準が -140m より高くなると水没します．確か過去十万年間くらいのグローバルな海水準は最も下がったときで -120m くらいだったような気がするのですが，不勉強なので -120m という数字が正しいかどうか，また津軽海峡に適用できるかどうかは知りません．
ああ失礼、3130で3700用POP-6を使うという話かと思っていたんですが、3130で3730用POP-7を使うという話でしたか。それでしたら可能だったと思いますよ。東北水研の方のページでは3100で3730用POP-7を用いたLong-Readシーケンスができるとのことですから、3130でできないということはないんじゃないかと思います。もちろん保証はできませんけど。
http://cse.fra.affrc.go.jp/ksaitoh/economy3100.html
貴重なコメントありがとうございました！
もう少しPOP-7の情報を集めて、見込みがあれば
トライしてみますね。
こちらでは未確認ですが、3130では3100用POP-6でのシーケンスがサポートされているはずです。また、3100において3700用POP-6でのシーケンスができることから、おそらく可能だと思われます。ただし、私は保証できませんので自己責任でお試しください。こちらでは310で3700用POP-6を利用してのシーケンスが可能なことを確認しております。
3年前の話で恐縮ですが、ABI3130に3700用のPOP-7は使用できるのでしょうか？もしご経験がありましたら教えてください。ランニングコストが高くて困り切っています。
いろいろありがとうございます。松井・多田・大場(1998)第四紀研究37: 221では最終氷期には津軽海峡は開いていたとあります。ご想像通り、アムールからの流入分を太平洋に排出するためらしいですが。まぁ化石からはこの時期哺乳類さえ渡ってきていないので合点はいきます。しかし、いつ閉じていたかはなかなかわからないですねぇ。ちなみに私がやっているのは虫なので、冬眠しちゃうんですよ…
シーケンサーは共用なんですか？ABIの仕様は結構いい加減なので36cmでも結構読める気がします。しかも準備が簡単な分、回転がいいので意外と占有されないかも知れませんよ？
すげー見つかりやすいところにデータがありましたよ(滝汗)。
地球科学データベースに津軽西方沖の音波探査プロファイル
http://www.aist.go.jp/RIODB/db085/RIO-DB-SEISMIC/Tsugaru/index_Tsugaru.html
があったので見てみたところ、浸食面がある可能性があるように見えなくもないです。最終氷期極大期には陸地化していたのかもしれません。っていきなり前言撤回やなぁ(笑)。しかし大陸の東側で130mも海面が下がるとは思えないんですが。それとも浸食面では10m以上も浸食されたのか、もしくは海中でも堆積が起きずに浸食されているか。ちょっと私には判断しかねますねぇ。
あ、そうそう、津軽海峡周辺の地質記録からローカルな海水準変動がわかればある程度接続も推定できる可能性はありますね。今のところそんなデータは無かったと思いますが。
いやー、フラグメント解析屋に占有される予定なのでPOP-7が使えないと多分ほとんど使わせてもらえないと思います。もっとも、今のABI 310はシークェンス専用になりますが。とは言え800bp以上読みたいときに310では無理ですからねぇ。かと言って800bp以上の場合にはPOP-7でもスタンダードキャピラリに交換しないといけませんので結局使わせてもらえないような気が・・・。
地史はなかなか難しいですねぇ…色々調べてはいるんですが。
ABI3130ですか。いいですね… (´･ω･`)
一応3130用のPOP6が売っているくらいですから、たぶん3700用のも使えるんじゃないでしょうかね… ｳﾗﾔﾏｽｨ…
グローバルには-120mでほぼ合ってます。ただ、グローバルな海水準変動を考えても草原や森が接続していたかどうかは何とも言えないでしょう。既に侵食によって記録は失われていると思いますので永久に不明なんじゃないでしょうか。
個人的には繋がっていなかっただろうと思います。むしろ1万5千年前以前も表層の淡水部分が太平洋に注いでいた可能性の方がありそうな気がします。冬期には凍結して渡れた可能性もあるかもしれません。
日本海のレビューについてはもう一つ，多田 (1997) 第四紀研究，36:287- を紹介します．あらすじはほとんど同じです．
それから，津軽海峡の草原や森を繋げたければ，日本海の古海洋学よりもむしろ海水準変動を参考にされるのがよいかと思います．本州と北海道を結ぶ最後の砦はちょうど青函トンネル直上と大間・函館間くらいなのですが，両方とも海水準が -140m より高くなると水没します．確か過去十万年間くらいのグローバルな海水準は最も下がったときで -120m くらいだったような気がするのですが，不勉強なので -120m という数字が正しいかどうか，また津軽海峡に適用できるかどうかは知りません．